公司发三方协议时，可能存在以下特殊情况或例外情形，影响协议处理：
1. 协议存在重大误解或显失公平：若一方在签订三方协议时对协议内容存在重大误解，或协议条款显失公平，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销协议。例如员工因对协议中薪酬条款理解错误而签订协议，事后发现薪酬远低于市场水平，可申请撤销协议。
2. 一方提供担保或保证：若三方协议中约定一方为其他方的义务提供担保或保证，当被担保方未履行义务时，担保方需承担相应的担保责任。例如第三方为公司的付款义务提供连带责任保证，公司未付款时，第三方需向债权人支付款项。
3. 协议涉及违法活动：若三方协议内容涉及违法活动，如用于洗钱、走私等，协议自始无效，相关方还可能面临行政处罚或刑事处罚。
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公司发三方协议可能存在以下法律风险点：
1. 协议无效风险：若公司发的三方协议存在《合同法》第五十二条规定的无效情形，如恶意串通损害第三人利益，协议将被认定无效。例如公司与第三方恶意串通，通过三方协议转移公司资产，损害债权人利益，此时协议无效，相关方需承担法律责任。
2. 违约责任风险：若协议合法有效，但一方未按约定履行义务，需承担违约责任。例如公司未按协议约定向第三方支付服务费用，第三方有权要求公司支付违约金并赔偿损失。
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关于公司发三方协议是否合法的问题，核心在于协议内容是否符合法律规定。下面为您分析不同情况的合法性：
公司发三方协议在符合法律规定的前提下是合法的。

1. 若三方协议内容未违反法律法规强制性规定，且各方自愿签订，则合法。例如协议未约定恶意串通损害国家利益、以合法形式掩盖非法目的等内容，且公司、员工及第三方均出于真实意愿签署。
2. 若三方协议内容存在《中华人民共和国合同法》第五十二条规定的无效情形，则不合法。比如协议中包含欺诈、胁迫手段订立且损害国家利益，或违反法律行政法规强制性规定的条款。
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针对公司发三方协议的合法性，我们可以依据《中华人民共和国合同法》的相关规定进行分析。
根据《中华人民共和国合同法》第五十二条，合同无效的情形包括：（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；（三）以合法形式掩盖非法目的；（四）损害社会公共利益；（五）违反法律、行政法规的强制性规定。公司发的三方协议，若不存在上述情形，且各方具备签约资格、意思表示真实，则符合法律规定，协议合法有效；若存在上述任一情形，则协议无效，不具备合法性。

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